A partir de ce samedi 21 décembre 2013, Estonian Air lance une route saisonnière depuis la capitale d’Estonie vers Munich en Allemagne. Du 21 décembre 2013 au 29 mars 2014, Estonian Air opérera un vol par semaine (le samedi) avec départ à 8h00 de Tallinn, la capitale d’Estonie, arrivée à Munich à 10h20 (deux heures trente de vol environ). Cette nouvelle  route ne souffre d’aucune concurrence. De janvier à novembre 2013, Estonian Air a transporté 509 000 passagers dont près de 37 000 en novembre. Elle vient d’arrêter sa coopération avec Air Lituanica, compagnie aérienne lituanienne basée à Vilnius, ce qui lui a fait suspendre ses vols Vilnius-Berlin le 6 décembre dernier, le vol entre Vilnius et Amsterdam devant s’interrompre le 6 janvier prochain. Elle partage ses codes avec Aeroflot, Air France, Belavia, Brussels Airlines, KLM, Rossiya, Scandinavian Airlines. Sa flotte comporte 7 avions (3 Bombardier CRJ 900 et 4 Embraer E-170).