La commission des Transports souhaite que le recouvrement des frais supplémentaires de sécurité aérienne soit à la charge des Etats membres et non des passagers. Les députés européens estiment que les mesures de sécurité sont appliquées au-delà des exigences communes européennes. En conséquence, elle a adopté un amendement qui précise que « les coût supplémentaires liés à la mise en œuvre de mesures plus strictes (que celles prévues par le règlement CE 300/2008) soient supportés par les Etats membres ». Les passagers, selon le parlement européen ne devraient donc pas avoir à débourser de sommes ou taxes supplémentaires. Les députés visent en premier lieu le surcoût imposé par le scanner corporel. Attention toutefois, car certains  Etats membres opposés à cette directive souhaitent limiter son application aux aéroports de plus de 5 millions de passagers par an. L’Europe se démarque de pays comme le Canada, qui a annoncé que les compagnies aériennes allaient progressivement l’incorporer dans le prix des billets d’avion. Détecteurs de métaux, inspection des bagages, personnel de sécurité... sont toutes des mesures de sécurité, qui sont imposées aux Etats membres par la réglementation européenne (Règlement 300/2008). Elles supposent des investissements considérables. Si chaque pays a ses propres règles de financement, ce sont le plus souvent les autorités aéroportuaires qui facturent le prix aux compagnies qui les répercutent sur les passagers. Les députés se sont aussi prononcés pour que le passager soit informé de la proportion des coûts de sécurité dans le prix final du billet.