Rien ne va pour Tunisair, qui a bouclé son exercice fiscal 2012-2013 au 30 septembre dernier avec une perte de 124,8 millions de dinars tunisiens (environ 55 millions d'euros). En 2011-2012, elle avait affiché une perte de 134 millions de dinars. Ces pertes s'expliqueraient par une mauvaise gestion et une corruption endémique, accusent les commissaires aux comptes de la compagnie aérienne qui ont révélé des informations « qualifiées de très graves par les actionnaires ». Selon la presse tunisienne, des affaires de corruption  seraient actuellement en cours devant des tribunaux compétents, à la suite d’un rapport d’enquête de la commission d’investigation contre la corruption et les malversations (CICM). Auditionné le 5 septembre 2013 par la Commission de la réforme administrative et de la lutte contre la corruption à l'Assemblée nationale constituante (ANC) qui l'a sommé de s'expliquer, le PDG de Tunisair, Rabeh Jrad, a reconnu la difficile situation que traverse actuellement la compagnie tunisienne. Selon lui, les problèmes de corruption datent de la période du Président Ben Ali (billets gratuits, recrutements pléthoriques, avantages accordés aux responsables, notamment ceux proches de la famille du Président déchu, achats de pièces de rechange non-justifiées, etc.) et Tunisair continue à en payer le prix aujourd'hui. Le PDG de Tunisair a aussi reconnu que les difficultés actuelles sont également à mettre sur le compte de la situation économique et politique qui prévaut dans le pays depuis la révolution de janvier 2011. Pour limiter les pertes, les recrutements de personnel sont gelés en 2013-2014, un plan  "d’assainissement social" avec 1700 licenciements (sur un effectif de 8500 salariés) est à prévoir durant la même période 2013-2014, et une réorganisation du réseau aérien est au programme avec l'ouverture de nouvelles lignes (vers la Libye notamment) et la fermeture de lignes non-rentables (Dubaï, Kuwait City, etc.). Et pour retrouver un tant soit peu de trésorerie, deux avions présidentiels, un Airbus A340 et un BBJ (Boeing Business Jet) ont été mis en vente (sans toutefois trouver d'acheteurs à ce jour).