La compagnie aérienne Aegean Airlines a inauguré deux nouvelles routes saisonnières depuis Héraklion, vers Bruxelles et Munich, tout en renforçant celle vers Paris. Depuis fin mars 2012, la compagnie grecque propose deux rotations hebdomadaires entre l'aéroport dans l'est de la Crète et l'aéroport de Bruxelles - Zaventem, avec des départs le mercredi et le samedi à 7h00 (arrivée 9h45). Les vols retour quittent la capitale belge à 10h30 pour atterrir à 15h00. Aegean Airlines fait face à la concurrence directe de la low cost Jetairfly (vols lundi et mercredi), cette dernière proposant également la Crête au départ de Charleroi, Liège et Ostende. La compagnie de Star Alliance a également lancé deux vols par semaine entre Héraklion et Munich, avec décollages le mercredi et le samedi à 15h00 (arrivée 17h00) et des retours de Bavière à 17h45 (arrivée 21h30), face cette fois à Air Berlin (à partir de mai) Condor et TUIfly. Aegean Airlines va d'autre part augmenter ses fréquences cet été entre Héraklion et Paris – Charles de Gaulle, passant à un rythme quotidien dès le 31 mai: rappelons que les départs de Crête se font à 17h00 (arrivée 19h50) et les retours de France à 20h55 (arrivée 1h35 le lendemain). Deux destinations ont en revanche disparu du programme d'été à Héraklion: Larnaca et Londres – Heathrow, Aegean Airlines partage ses codes avec Brussels Airlines, Lufthansa, BMI (British Midland), SAS Scandinavian Airlines, TAP Portugal, United Airlines et US Airways.