La compagnie aérienne Air France a nié les informations parues dans le Canard Enchainé sur des tentatives de sabotage et autres incidents liés à la radicalisation islamiste, parlant de rumeurs infondées et de fausses informations. Dans un communiqué du 6 octobre 2016, la compagnie nationale française affirme qu’aucun « acte de malveillance sur un vol commercial Air France n’a jamais été confirmé ni même identifié comme tel », affirme la compagnie dans un communiqué. Elle évoque des « rumeurs infondées ou événements sortis de leur contexte » et des faits « non conformes à la réalité » à propos des informations publiées par l’hebdomadaire sur la foi d’un agent du renseignement, concernant une panne récurrente sur des moteurs relais s’apparentant à des tentatives de sabotage, de toboggans d’évacuation d’urgence trafiqués en maintenance à l’aéroport de Paris-CDG, ou de tags « Allah Akbar » sur les trappes de remplissage de kérosène. Selon l’Express qui cite une source proche du dossier, le cas du refus de guider un avion car le commandant de bord était une femme « relève davantage de la légende urbaine que de la réalité » : Air France a certifié au journal « n'avoir jamais eu connaissance d'une telle affaire, assurant que le personnel aurait été licencié si les faits avaient été avérés ». Dans le même article, une source syndicale affirme « qu’aucun incident majeur de ce type n’est survenu » (il rappelle qu’un rapport doit être rédigé systématiquement, même pour un refus de serrer la main) et parle « d’incidents marginaux qui relèvent de problèmes de comportement », sans que l’on sache s’il s’agit d’un syndicaliste de l’aéroport ou d’Air France. Et selon Europe 1, l’auteur du hacking des cartes faisant disparaitre n’aurait jamais été identifié ; quant aux tags, ils auraient été inscrits lors d’escales en Afrique du nord selon une enquête de la Gendarmerie du transport aérien (la radio affirme que seulement sept avions ont été tagués, tous à Casablanca, comme cinq autres opérés par easyJet). Air France a toutefois confirmé que l’employé impliqué selon le Canard Enchainé dans la panne récurrente des moteurs relais, et qui serait en fuite au Yémen, a bien été licencié – mais suite à une absence de longue durée injustifiée. Quant à la détection de la radicalisation en général, Air France rappelle qu’elle met « tout en œuvre quotidiennement pour offrir à ses passagers et membres d’équipage le plus haut niveau possible de sûreté et de sécurité. La direction de la sûreté de la compagnie travaille pour cela en étroite collaboration avec les différentes autorités aéroportuaires et services de l'Etat ». Elle avait affirmé la veille que son personnel et ses clients « sont en sécurité absolue ».