La Commission Européenne a ouvert une enquête approfondie sur les accords passés entre l'aéroport de Carcassonne et la compagnie aérienne low cost Ryanair, afin d'établir si leurs accords commerciaux enfreignent le droit européen. Dans un communiqué daté du 4 avril 2012, la Commission explique que son enquête vise à déterminer si "les accords financiers conclus entre les pouvoirs publics et l’aéroport de Carcassonne, ainsi que les remises et les accords de commercialisation convenus entre l’aéroport et la compagnie aérienne Ryanair spécialiste de l' avion pas cher, sont conformes aux règles de l’UE en matière d’aides d’Etat. L’ouverture d’une procédure d’enquête donne la possibilité aux tiers intéressés de faire part de leurs observations sur les mesures soumises à examen; elle ne préjuge en rien de l’issue de l’enquête." La Commission s'intéresse en particulier aux subventions publiques de 11 millions d'euros versées entre 2000 et 2010 à la CCI pour l'infrastructure de l'aéroport; à celles de 8 millions d'euros entre 2001 et 2011 pour l'exploitation de l'aéroport; à celles perçues par Veolia Transport depuis mai 2011 liées au nombre de liaisons exploitées au départ de Carcassonne; et enfin les accords passés par les exploitants avec la spécialiste irlandaise du vol pas cher, tels que les accords de commercialisation et les remises sur les redevances aéroportuaires, la Commission craignant que de tels accords ne soient susceptibles de conférer à la compagnie aérienne, seul utilisateur commercial de l’aéroport, un avantage économique indu dont ne jouissent pas ses concurrents. Ryanair a immédiatement réagi via son porte-parole Stephen McNamara, expliquant que "la Cour européenne a déjà rejeté en décembre 2008 des plaintes similaires de la Commission contre Ryanair, après avoir constaté dans l’affaire de Charleroi, que les accords des aéroports avec Ryanair étaient en conformité avec les règles européennes de concurrence. La Commission n’avait alors même pas fait appel contre la décision du tribunal. Cette dernière nouvelle enquête ouverte par la Commission est difficile à comprendre quand, en même temps, elle interdit à ses fonctionnaires d’utiliser des compagnies aériennes à bas coût ou encore de voyager de/vers l’aéroport de Charleroi." Cette nouvelle enquête vient s'ajouter à celles lancées par la Commission sur seize aéroports régionaux européens fréquentés par Ryanair et d'autres low cost, dont Angoulême ou Charleroi.